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CUT&Tag:一种研究蛋白质-DNA互作关系的新技术

阅读 : 276
时间 : 2024年03月06日

技术简述

        CUT&TagCleavage Under Targets and Tagmentation),即靶向剪切和标签技术,是种利用抗体偶联转座酶剪切技术进行高效、高分辨率的DNA测序文库构建方法,也是替换传统的ChIP-Seq用以研究蛋白质-DNA互作关系研究的新方法,属于新代超微量蛋白互作DNA的技术。可用于检测组蛋白修饰位点、RNAPOLII和转录因等具有DNA结合功能的蛋白种类,对表观遗传学、肿瘤和干细胞等领域的研究具有重要意义。

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技术流程

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技术应用

  • 判断DNA链的某一特定位置是否发生某种组蛋白修饰;

  • 检测RNA polymerase II及其它反式因子在基因组上结合位点的精确定位;

  • 研究组蛋白共价修饰与基因表达的关系;

  • 转录因子结合位点研究。

技术优势

参数

ChIP-Seq

CUT&Tag

甲醛交联

超声破碎

获取片段化DNA方法

超声打断

使用Tn5转座酶

细胞起始量

106-107

单细胞-5*105

测序深度

20-50M reads

3-5M reads(低丰度靶点可尝试增加)

是否需要完整的建库流程

需要

不需要

Tn5可直接在DNA片段两端加测序接头,一次PCR扩增即可)

完成时间

≤1

1-2

CUT&Tag省掉了甲醛交联、超声破碎和加测序接头的额外工作,使实验时间大大缩短,同时因为检测的灵敏度高,所需的样品的起始量低。测序量也大大减少。


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