技术简述
ChIP-seq,指的是结合位点分析法,作为研究体内蛋白质与DNA相互作用的研究方法。染色质免疫共沉淀技术(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP)也称染色质免疫分析法,是研究体内蛋白质与DNA相互作用的有力工具,通常用于转录因子结合位点或组蛋白特异性修饰位点的研究。
将ChIP与第二代测序技术相结合的ChIP-Seq技术,能够高效地在全基因组范围内检测与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段。ChIP-Seq的原理是:首先通过染色质免疫共沉淀技术(ChIP)特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段,并对其进行纯化与文库构建;然后对富集得到的DNA片段进行高通量测序。研究人员通过将获得的数百万条序列标签精确定位到基因组上,从而获得全基因组范围内与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段信息。

技术流程

技术应用
判断DNA链的某一特定位置是否发生某种组蛋白修饰;
检测RNA polymerase II及其它反式因子在基因组上结合位点的精确定位;
研究组蛋白共价修饰与基因表达的关系;
转录因子结合位点研究。
ChRD-PET:一种植物RNA-DNA互作研究技术
RIC-seq:一种RNA高级结构互作捕获新技术
Hi-C:一种高通量染色质构象捕获技术
HiChIP:一种解析染色质构象的方法。
WGBS:全基因组甲基化测序
RNA-seq:转录组测序技术
ATAC-Seq,一种检测开放染色质区域的研究方法
CUT&Tag:一种研究蛋白质-DNA互作关系的新技术