表观基因组修饰有助于转录调控，但在水稻中仍未发现全面的参比表观基因组。在这里，研究者开发了一种用于植物的增强型染色质免疫沉淀 eChIP（enhanced chromatin immunoprecipitation）方法，并生成了五种组蛋白修饰和 RNA 聚合酶 II 的全基因组图谱。通过整合染色质可及性、DNA 甲基化和转录组数据集，我们在 20 个代表性水稻品种的不同组织中构建了全面的表观基因组景观。大约 81.8%的水稻基因组具有不同的表观基因组特征。使用开放染色质和 H3K4me3 标记区域对启动子区域进行细化，可以深入了解转录调控。我们发现了广泛的增强子样启动子，通过染色质相互作用在转录调控上具有潜在的增强子功能。活性和抑制性组蛋白修饰和预测的增强剂在不同组织中差异很大，而非活性染色质状态相对稳定。总之，这些数据集构成了水稻功能元件注释的宝贵资源，并表明了表观基因组信息在理解转录调控方面的核心作用。

该研究全面概述了水稻的表观基因组图谱，启动子染色质特征，enhancer-like promoters 和不同组织中的表观基因组动态变化模式以及遗传变异对这些水稻表观基因组图谱的影响。该研究这些数据为全面解析水稻基因组提供重要的资源。