技术简介

      ChIA-PET 技术是鉴定目的蛋白介导的全基因组DNA 调控元件远程相互作用的高效技术，例如启动子- 启动子和启动子- 增强子等远程互作。该技术的全称是Chromatin Interaction Analysis by Paired-End Tag sequencing。

      ChIA-PET 技术的原理：是染色质免疫沉淀技术(ChIP，详细原理见本公司关于ChIP-seq 技术的介绍) 和邻近连接(proximity ligation) 的组合，首先利用能识别目的蛋白在特异抗体，通过染色质免疫共沉淀技术，特异性地富集目的蛋白和DNA的复合体；然后对复合体中的DNA 进行末端修饰和临近连接，将线性距离较远、但空间上临近的两个DNA 片段连接在一起，进而捕获远程互作的DNA 调控元件。

      该技术可高效捕获动植物全基因组范围内参与多种生命活动的关键蛋白因子结合位点间的相互作用，对于理解基因转录调控、疾病发生和生长发育机理具有重要意义。

技术流程

1. 用甲醛和EGS 双交联细胞或动植物组织，将体内所有蛋白介导的DNA-DNA 相互作用交联固定下来；

2. 染色质免疫沉淀，富集目标蛋白介导的DNA-DNA 复合体；

3. 邻近连接，完成复合体中DNA 末端的修饰，然后用连接酶将修饰的两个DNA 末端连接起来，形成一个嵌合DNA 分子；

d. 解交联和文库构建，利用解交联试剂处理上述蛋白-DNA 复合体，分离纯化其中的嵌合DNA（邻近连接的DNA 分子），构建这些嵌合DNA 的高通量测序文库；

1. 上机测序。

技术应用

1. 鉴定转录因子或者修饰组蛋白介导的全基因组DNA 调控元件远程相互作用，例如启动子- 启动子和启动子- 增强子等，进而构建高分辨率三维基因组结构图谱^[1]；

1. 与转录组数据联合分析，揭示DNA 顺式调控元件之间的互作调控基于转录的分子机理，为基因编辑技术提供靶标^[2]。

技术优势

1. 技术稳定性强，在多种动植物中产生了高质量多种抗体的ChIA-PET 数据，作为高水平论文的主要内容；

2. 时效快，可以在30 个工作日内完成数据交付。

参考文献：

[1]Fullwood MJ, Liu MH, Pan YF, Liu J, Xu H, Mohamed YB, Orlov YL V, elkov S, Ho A, Mei PH, Chew EG, Huang PY, Welboren WJ, Han Y O, oi HS, Ariyaratne PN, Vega VB, Luo Y, Tan PY, Choy PY, Wansa KD, Zhao B, Lim KS, Leow SCY, ow JS, Joseph R, Li H, Desai KV, Thomsen JS, Lee YK, KaruturRi K, Herve T, Bourque G, Stunnenberg HG, Ruan X, Cacheux-Rataboul V, Sung WK, Liu ET, Wei CL, Cheung E, Ruan Y. An oestrogen-receptor-alpha-bound human chromatin interactome. Nature. 2009 Nov 5;462(7269):58-64. doi: 10.1038/nature08497. PMID: 19890323; PMCID: PMC2774924.

[2]Peng Y, Xiong D, Zhao L, Ouyang W, Wang S, Sun J, Zhang Q, Guan P, Xie L, Li W, Li G, Yan J, Li X. Chromatin interaction mapsre veal genetic regulation for quantitative traits in maize. Nat Commun. 2019 Jun 14;10(1):2632. doi: 10.1038/s41467-019-10602-5. PMID: 31201335; PMCID: PMC6572838.

技术服务

睿锶生物积累了丰富的三维基因组学研究实验经验，产生了一系列高质量的ChIA-PET 实验数据。