技术简介

       染色质结合RNA 在基因组三维结构形成和基因转录调控等细胞核活动中发挥重要功能，如何鉴定染色质结合RNA（caRNA）及其在基因组上的结合位点，对于研究它们的功能非常很重要。GRID-seq 技术就是一种高通量无偏检测caRNA与DNA 互助的技术，其原理是通过特殊设计的二价linker，两端分别连接RNA 和DNA，能实现全基因组RNA-DNA 相互作用的检测和分析。

技术流程

1. 预先设计特殊的linker，一端是单链RNA，另一端是双链DNA；

2. 用DSG和甲醛固定RNA-DNA相互作用，提取细胞核；

3. 用AluI 进行酶切；

4. 加入linker，linker的RNA与要捕获的RNA连接；

5. 反转录，扩增连接的RNA；

6. 去除游离的linker；

7. linker的DNA与要捕获的DNA连接；

8. 用整合素磁珠捕获DNA；

9. 从磁珠释放ssDNA，合成dsDNA，使用MmeI，将linker上设计好的酶切位点切开；

10. 跑胶，得到两个DNA片段，85bp的是连接了RNA和DNA的linker，65bp的是只连接了RNA或者DNA的linker。

技术应用

1. 细胞类型特异的相互作用^[1]；

2. 鉴定染色质结合RNA^[1]；

3. 用于预测与RNA 生成有关的基因组相互作用^[1]；

4. 染色体间的特异互作^[2]。

技术优势

1. 具有高特异性，高敏感性；

2. GRID-seq 技术的建立和发展，有助于科学研究者发现更多RNA 介导的调控活动。

参考文献：

[1]Li X, Zhou B, Chen L, Gou LT, Li H, Fu XD. GRID-seq reveals the global RNA-chromatin interactome. Nat Biotechnol. 2017 Oct;35(10):940-950. doi: 10.1038/nbt.3968. Epub 2017 Sep 18. PMID: 28922346; PMCID: PMC5953555.

[2]Li L, Luo H, Lim DH, Han L, Li Y, Fu XD, Qi Y. Global profiling of RNA-chromatin interactions reveals co-regulatory gene expression networks in Arabidopsis. Nat Plants. 2021 Oct;7(10):1364-1378. doi: 10.1038/s41477-021-01004-x. Epub 2021 Oct 14. PMID: 34650265

技术服务

睿锶生物积累了丰富的三维基因组学研究实验经验，产生了一系列高质量的GRID-seq 实验数据。