技术简介

       ChRD-PET（Chromatin-associated RNA-DNA interactions followed by paired-end-tag sequencing）, 一种植物RNA-DNA 互作研究技术，其原理是利用特异组蛋白修饰抗体，通过染色质免疫共沉淀富集DNA-RNA- 蛋白质复合物，用一种生物素标记的DNA bridge linker，将复合物上空间接近的RNA 和DNA 进行连接，通过高通量测序获得DNA 和RNA 交互的数据。ChRD-PET 数据可以表征染色质结合RNA 在全基因组上的结合位点，以及染色质结合RNA 与特定DNA 顺式调控元件的互作图谱，揭示染色质RNA 与染色质交互的基本特征。

技术流程

技术应用

1. 染色质结合RNA 的鉴定：ChRD-PET 技术可以精确地鉴定并量化细胞内染色质结合RNA（caRNA）的种类和丰度，为研究它们的功能奠定基础。

2. 染色质结合RNA 与DNA 的互作图谱：ChRDPET技术可以用来鉴定不同DNA 顺式调控元件上caRNA 的种类和互作强度，揭示不同发育阶段细胞内caRNA 控制组织发育和细胞分化的关键靶基因和路径。

3. 表观遗传学研究：该技术能够提供caRNA 调控染色质状态潜在机理，为研究DNA 甲基化、组蛋白修饰等表观遗传机制与基因表达之间的关系提供了有力的工具。

4. 系统生物学：ChRD-PET 技术生成的大量caRNA与调控元件的互作数据可用于构建基因表达调控网络，帮助理解细胞内复杂的信号传导、代谢途径及互作关系。

技术优势

1. 高灵敏度和特异性：ChRD-PET 能够检测caRNA与高分辨率的DNA 调控元件互作。

2. 时间分辨率高：ChRD-PET 技术可以捕获不同发育阶段或不同处理条件下caRNA-DNA 互作图谱。

3. 全面覆盖转录组：这项技术不仅能够捕获编码RNA的转录活动，也能够检测非编码RNA（如lncRNA 和miRNA）的转录。

4. 适用于动植物多种生物样本

5. 可结合其他表观遗传学数据：ChRD-PET 技术生成的数据可以与DNA 甲基化、组蛋白修饰、三维基因组等其他数据结合分析。

参考文献：

[1]Xiao Q, Huang X, Zhang Y, Xu W, Yang Y, Zhang Q, Hu Z, Xing FS, un Q, Li G, Li X. The landscape of promoter-centred RNA-DNA interactions in rice. Nat Plants. 2022 Feb;8(2):157-170. doi: 10.1038/s41477-021-01089-4. Epub 2022 Feb 3. PMID: 35115727

技术服务

睿锶生物积累了丰富的三维基因组学研究实验经验，产生了一系列高质量的ChRD-PET 实验数据。