ChIA-drop具有单分子精度的多重染色质相互作用，带有免疫抑制的ChIA-Drop数据分析代码（例如CTCF或H3K4me1）。它处理FASTQ数据并创建一个多接触列表，以单分子分辨率表示染色质相互作用。ChIA-Drop的数据分析是由其开发的ChIA-DropBox工具包完成的。该工具包包括了数据预处理和可视化模块，实现了完整的ChIA-Drop数据分析流程，并且可将ChIA-Drop的多重相互作用数据通过计算模拟出配对相互作用数据，与Hi-C、ChIA-PET数据进行比较。另外，ChIA-DropBox还包括一个名为ChIA-view的交互式可视化工具，用于可视化多重染色质复合物。