ChRD-PET（Chromatin-associated RNA-DNA interactions followed by paired-end-tag sequencing）, 一种植物RNA-DNA互作研究技术，其主要原理是利用特异组蛋白修饰抗体，通过染色质免疫共沉淀富集DNA-RNA-蛋白质复合物，用一种生物素标记的DNA bridge linker，将复合物上空间接近的RNA和DNA进行连接，通过高通量测序获得DNA和RNA交互的数据。利用这一技术，研究人员构建了水稻H3 ChRD-PET和H3K4me3 ChRD-PET数据，分别表征染色质结合RNA在全基因组上的结合位点，以及染色质结合RNA与H3K4me3修饰区域（标记水稻活跃启动子）的互作图谱。进一步系统地分析了RNA与染色质交互的基本特征。