ATAC-seq技术，全称为：Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing），是2013年由斯坦福大学William J. Greenleaf和Howard Y. Chang实验室开发的一种用于研究染色质可及性（通常也理解为染色质的开放性）的方法(Buenrostro, Giresi, Zaba, Chang, & Greenleaf, 2013)。

该方法通过超活化Tn5转座酶将序列接头插入到染色质开放区域，然后通过DNA测序数据分析推断染色质各区域的可及性、转录因子结合位点以及核小体位置。ATAC-seq可以在全基因组范围快速灵敏地检测染色质可及性。

相比传统方法，ATAC-seq的结果具有很强的一致性，同时也和基于组蛋白修饰marker的ChIP-seq有较高的吻合程度。另外，ATAC-seq的重复性，比MNase-seq和DNase-seq的更强，操作起来也更加简单，细胞或组织的需求量较少，出来的信号更加漂亮。已是目前研究染色质开放性首选的技术方法。

ATAC-seq简要实验流程

1.      收集细胞或组织，制备细胞悬液；

2.      加入细胞膜裂解液，获得细胞核；

3.      加入Tn5转座酶，对处于开放状态的DNA进行酶切；

4.      回收酶切下来的DNA片段，PCR扩增后进行二代高通量测序。

首先利用fastqc软件对原始数据进行质量评估，再使用BWA或bowtie软件将原始数据比对到参考基因组，然后用MACS分别对每例样本进行峰挖掘（peak calling），之后对peaks区域进行基因组位置注释、motif分析，并对靶基因进行GO和KEGG富集分析；若具有多种实验组样本，可挖掘各组样本间具有差异的peaks进行特异性分析等。

细胞样品

单次ATAC-seq反应所需细胞应当严格控制在100,000个/管（每个样本准备3~4管），具体细节详询销售。

动物组织

选取新鲜组织，质量大于30mg/份，取样时剔除冗余部分，保证组织的单一性，建议取材后用生理盐水漂洗，以去除血渍和污物，液氮速冻，-80℃保存。建议样品制备 2~3 份。

植物组织

选取取幼嫩组织，如嫩叶，根尖，幼苗等，质量大于500mg/份，建议取样后用清水漂洗去除污物，纸巾吸干水分后液氮速冻，-80℃保存。建议样品制备 2~3 份。

具体细节，详询销售或技术人员。